Quickstart

# Metadata for 99 samples
manifest = read.table(‘SYNAPSE_METADATA_MANIFEST.SAMPLED.tsv’, sep=’\\t’, header=T)

# Read IDAT files
mset450k = methylumIDAT(pdat=manifest) # or barcodes=c("A", "B", ...)
# barcodes는 _Grn, _Red 제외한 샘플 이름의 벡터
# pdat은 'barcode' 라는 컬럼을 가진 테이블

sampleNames(mset450k) = unique(manifest$UID)

# Background correction + dye-bias normalization
mset450k.proc = stripOOB(normalizeMethyLumiSet(methylumi.bgcorr(mset450k)))

# Save to csv
write.csv(betas(mset450k.proc), ‘beta.csv’)