Shopify設定＞「配送と配達」の配送プロファイルが適用されている形となっております。

またサブスクリプション商品の場合、以下のリンク先にある開発者用資料によりますと、現在は送料が複数設定されている場合であっても、最安設定のものが必ず表示されるような仕様となっております。

そのためご購入されている商品に指定されている最安設定の送料のみが表示されてしまう形となっております。

開発者用資料：Create and manage subscription shipping rates and delivery methods

Create and manage subscription shipping rates and delivery methods

英語版のみとなりますので、翻訳ツールと併せてご利用いただけますと幸いです。