cleanUrl: "hhblits-commands"
description: "단백질 서열을 이용해 DB를 검색하여 다중서열정렬(MSA)을 얻을 수 있는 hhblits 사용법을 정리합니다."

DB 다운로드

http://wwwuser.gwdg.de/~compbiol/data/hhsuite/

Usage

Basic

hhblits -i query.fas -o query.hhr -d ./uniclust30

hhblits -i query.fas -o query.hhr -oa3m query.a3m -n 1 -d ./uniclust30 

Single search iteration

hhblits -i [INPUT] -o [OUTPUT] -n 1 -d [DB_BASENAME]

Generate alignment of homologous sequences

hhblits -i [INPUT] -o [OUTPUT] -oa3m [RESULT_ALIGNMENT] -d [DB_BASENAME]